Die BioStoffV teilt die Mikroorganismen entsprechend ihrer Gefährlichkeit in die folgenden 4 Risikogruppen ein:

Risikogruppe 1: Biologische Arbeitsstoffe, bei denen es unwahrscheinlich ist, dass sie beim Menschen eine Krankheit verursachen.
Risikogruppe 2: Biologische Arbeitsstoffe, die eine Krankheit beim Menschen hervorrufen können und eine Gefahr für Beschäftigte darstellen können; eine Verbreitung des Stoffes in der Bevölkerung ist unwahrscheinlich; eine wirksame Vorbeugung oder Behandlung ist normalerweise möglich.
Risikogruppe 3: Biologische Arbeitsstoffe, die eine schwere Krankheit beim Menschen hervorrufen können und eine ernste Gefahr für Beschäftigte darstellen können; die Gefahr einer Verbreitung in der Bevölkerung kann bestehen, doch ist normalerweise eine wirksame Vorbeugung oder Behandlung möglich.
Risikogruppe 4: Biologische Arbeitsstoffe, die eine schwere Krankheit beim Menschen hervorrufen und eine ernste Gefahr für Beschäftigte darstellen; die Gefahr einer Verbreitung in der Bevölkerung ist unter Umständen groß; normalerweise ist eine wirksame Vorbeugung oder Behandlung nicht möglich.

Die genaue Zuordnung eines bestimmten Mikroorganismus zu einer Risikogruppe erfolgt anhand der Ausführungsbestimmungen der BioStoffV, den sog. Technischen Regeln Biologische Arbeitsstoffe (TRBA):
TRBA 460: Pilze, TRBA 462: Viren, TRBA 464: Parasiten und TRBA 466: Bakterien. Gezielte Tätigkeiten mit Mikroorganismen ab Risikogruppe 2 und nicht gezielte Tätigkeiten ab Risikogruppe 3 müssen der für den Arbeitsschutz zuständigen Aufsichtsbehörde, dem Landesamt für Arbeitsschutz, Gesundheitsschutz u. technische Sicherheit (LAGetSi) angezeigt werden.

Einige Krankheitserreger gehören zwar entsprechend vorangehender Ausführungen selbst der Risikogruppe 3 an, gehen jedoch mit einem begrenzten Risiko für die Beschäftigten einher, da eine Übertragung auf dem Luftweg unwahrscheinlich ist und deshalb nur Sicherheitsmaßnahmen der Schutzstufe 2 beachtet werden müssen. Diese Krankheitserreger werden mit der Risikogruppe 3** gekennzeichnet (s. TRBA 105 und Anhang 3 der Richtlinie 90/679/EWG). Zu ihnen gehören wichtige Krankheitserreger im Krankenhausbereich wie z.B. Hepatitis B- und C-Virus (HBV, HOV).